La Mesa es el órgano rector de las Juntas Generales. Actúa bajo la dirección del presidente y ostenta la representación colegiada de la institución en los actos en los que participe (artículo 41.1). 

Está compuesta por el presidente o presidenta, dos vicepresidentes o vicepresidentas y dos secretarios o secretarias, todos ellos asesorados por un letrado o letrada, designado por la Mesa a propuesta de la presidencia (artículo 41.2). 

Funciones (artículo 44.1):

Orden administrativo y organizativo, así como de jefatura del personal. La Mesa elabora el proyecto de presupuestos de la institución así como sus eventuales modificaciones, dirige y controla su ejecución, justifica su cumplimiento, ordena el gasto y comunica a los grupos junteros el grado de ejecución. 

Calificación de los documentos que se dirijan a las Juntas Generales. En este sentido, decide sobre su admisión o no a trámite y la forma de tramitación. 

Impulso de la actividad de las Juntas y fijación de los calendarios. Además de coordinar los trabajos de los diferentes órganos, es la encargada de fijar el calendario de las diferentes sesiones del pleno y de las comisiones. 

Reconsideración de decisiones. Resuelve, oída la Junta de Portavoces, las reconsideraciones formuladas respecto de las decisiones de calificación y tramitación de documentos (artículo 44.2). 

Además, con carácter residual, cumple con cualquier otra función que le encomiende el Reglamento y no está atribuida a ningún órgano específico.